projekt (obecné informace o projektu):

7AMB12AT018

181596350

MSM Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy

7A

(nic)

ZV - Základní výzkum

Biotypizace fytopatogenů kulturních rostlin pomocí hmotnostní spektrometrie a identifikace proteinových markerů infekce

Biotyping of phytopathogens of cultivated plants using mass spectrometry and identification of protein markers of infection

Plísně jsou původci onemocnění důležitých plodin. Jejich diagnostika je založena na specifičnosti hostitele, symptomech a mikroskopii. V poslední době jsme se v rámci společného týmu věnovali alternativnímu postupu založeném na hmotnostní spektrometrii intaktních buněk plísní. Je třeba pouze malého množství materiálu a využívá se jednoduchého zpracování vzorku a rychlé interpretace dat. Na dvou modelových patogenech byla vypracována metodika přípravy vzorku a postup měření. Pro řadu mikroorganismů jsme získali knihovnu proteinových spekter, která je k dispozici pro taxonomickou identifikaci izolátů z terénních sběrů. V rámci pokračovacího projektu chceme dokončit vývoj metodiky pro biotypizaci rostlinných patogenů měřením přímo z infikovaného materiálu (listy, stonek), což umožní rychlou, levnou a spolehlivou diagnostiku. Studované mikroorganismy budou rozšířeny o patogeny chmele a vinné révy. Důkladnou analýzou povrchových proteinů patogenů bychom rovněž chtěli odhalit biomarkery infekce.

(nic)

(nic)

Fungi cause diseases of important crops. Their diagnostics is based on host specificity, symptoms and microscopy. Our joined team recently investigated an alternative based on intact cell mass spectrometry. This requires only a small amount of the material and takes the advantage of easy sample processing and fast data interpretation. Using two model pathogens, we have developed a methodology for both sample preparation and measurement on the instrument. For around ten microorganisms, we have obtained a library of protein mass spectra, which is available for taxonomic identification of field isolates. In the frame of a continuation project, we would like to finalize the methodology for biotyping of plant pathogens by direct measurements from infected material (leaf, stem) that would allow fast, cheap and reliable diagnostics. The studied microorganisms will be extended to pathogens of hop and grapevine. We also plan to discover infection biomarkers using detailed analysis of fungal surface proteins.

(nic)

1. ledna 2012

31. prosince 2013

(nic)

(nic)

MSMT-2956/2012-36

2013-02-18

S - Úplné a pravdivé údaje nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů

CE: Biochemie
EF: Botanika
GF: Choroby, škůdci, plevely a ochrana rostlin

biotyping; imaging; mass spectrometry; microorganism; phytopathogen; protein; proteomics

(nic)

U - Uspěl podle zadání, tj. byly splněny cíle a jeho předpokládané výsledky uvedené ve smlouvě / rozhodnutí o poskytnutí podpory

Projekt je realizován v rámci Aktivity MOBILITY, jejímž hlavním cílem je navázání a prohlubování kontaktů se zahraničními výzkumnými institucemi. Neprobíhá tedy kontrola dílčích výstupů projektu prostřednictvím hodnotící komise, avšak je kontrolována správnost čerpání přidělených financí a přiměřenost jejich využití.

This project is being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.

RP - Spolufinancování programu ES

(nic)

FP6-2002-Mobility-12

140

140

1

0

0

3

3

DUU

(nic)

(nic)

ZKU

2014

2013

2014-06-30

CEP14-MSM-7A-U/01:1

Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta

'advantag':58 'allow':136 'also':155 'altern':39 'amount':51 'analysi':163 'around':86 'avail':100 'base':26,40 'biomark':160 'biotyp':1A,122,168B 'caus':18 'cell':43 'cheap':138 'continu':112 'crop':22 'cultiv':5A 'data':65 'detail':162 'develop':73 'diagnost':24,141 'direct':127 'discov':158 'diseas':19 'easi':60 'extend':147 'fast':64,137 'field':105 'final':118 'frame':109 'fungal':165 'fungi':17 'grapevin':153 'hop':151 'host':28 'identif':11A,103 'imag':169B 'import':21 'infect':16A,130,159 'instrument':84 'intact':42 'interpret':66 'investig':37 'isol':106 'join':34 'leaf':132 'librari':93 'like':116 'marker':14A 'mass':8A,44,96,170B 'materi':54,131 'measur':81,128 'methodolog':75,120 'microorgan':88,144,172B 'microscopi':32 'model':69 'obtain':91 'pathogen':70,125,149 'phytopathogen':3A,173B 'plan':156 'plant':6A,124 'prepar':79 'process':62 'project':113 'protein':13A,95,167,174B 'proteom':175B 'recent':36 'reliabl':140 'requir':47 'sampl':61,78 'small':50 'specif':29 'spectra':97 'spectrometri':9A,45,171B 'stem':133 'studi':143 'surfac':166 'symptom':30 'take':56 'taxonom':102 'team':35 'ten':87 'two':68 'use':7A,67,161 'would':115,135

False

2012, 2013

Celkem 140 tis. Kč
Tato tabulka obsahuje všechny zdroje financování projektu včetně soukromého financování.
Účastník (v tis. Kč)Role20122013
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaPříjemce / Organizační jednotka garantující řešení7070
Celkem po rocích7070
Celkem140

Celkem 140 tis. Kč
Tato tabulka obsahuje účelové náklady projektu.
Účastník (v tis. Kč)Role20122013
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaPříjemce / Organizační jednotka garantující řešení7070
Celkem po rocích7070
Celkem140

Celkem 0 tis. Kč
Tato tabulka obsahuje informace o investičních nákladech projektu.
Účastník (v tis. Kč)Role2013
Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaPříjemce / Organizační jednotka garantující řešení0
Celkem po rocích0
Celkem0

Dočasně omezeno na max 100 záznamů. Zobrazit vše
Kód výsledkuTyp výsledkuNázevPředkladatelOrganizační jednotka předkladateleSeznam řešitelůObor CEP
RIV/61989592:15310/13:33147897!RIV14-MSM-15310___J Článek v odborném periodiku BIOSPEAN: A freeware tool for processing spectra from MALDI intact cell/spore mass spectrometryUniverzita Palackého v OlomouciUniverzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaMartin Raus (5464900), Marek Šebela (9708790)CE: Biochemie
RIV/61989592:15310/13:33147919!RIV14-MSM-15310___R Software BIOSPEAN: A freeware tool for processing spectra from MALDI intact cell/spore mass spectrometryUniverzita Palackého v OlomouciUniverzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaMartin Raus (5464900), Marek Šebela (9708790)CE: Biochemie
RIV/61989592:15310/14:33151668!RIV15-MSM-15310___J Článek v odborném periodiku Identification of fungal microorganisms by MALDI-TOF mass spectrometryUniverzita Palackého v OlomouciUniverzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakultaJana Chalupová (2879352), Martin Raus (5464900), Michaela Sedlářová (1301411), Marek Šebela (9708790)CE: Biochemie